Il Laboratorio è formato da Nodi distribuiti su tutto il territorio nazionale e corrispondenti ad altrettante Università consorziate al CINI. Ciascun Nodo è diretto da un coordinatore e comprende docenti e ricercatori. Di seguito l’elenco dei Nodi del Laboratorio (in fase di aggiornamento):
| Università/Ente | Direttore del nodo |
| Libera Università di Bolzano | Bruno Carpentieri |
| Politecnico di Milano | William Fornaciari |
| Università del Molise | Giovanni Fabbroncino |
| Università del Piemonte Orientale | Massimo Canonico |
| Università dell’Aquila | Giovanni Stilo |
| Università della Calabria | Domenico Talia |
| Università della Campania "Luigi Vanvitelli" | Beniamino Di Martino |
| Università della Politecnica delle Marche | Adriano Mancini |
| Università di Bologna "Alma Mater Studiorum" | Moreno Marzolla |
| Università di Catania | Maurizio Palesi |
| Università di Ferrara | Sebastiano Fabio Schifano |
| Università di Firenze | Antonio Andreini |
| Università di Genova | Daniele D’Agostino |
| Università di Messina | Maria Fazio |
| Università di Napoli "Federico II" | Alessandro Cilardo |
| Università di Napoli "Parthenope" | Raffaele Montella |
| Università di Padova | Carlo Fantozzi |
| Università di Parma | Michele Amoretti |
| Università di Pavia | Francesco Leporati |
| Università di Perugia | Osvaldo Gervasi |
| Università di Pisa | Marco Danelutto |
| Università di Roma "Sapienza" | Mauro Olivieri |
| Università di Roma "Tor Vergata" | Salvatore Filippone |
| Università di Salerno | Vittorio Scarano |
| Università del Salento | Massimo Cafaro |
| Università di Siena | Roberto Giorgi |
| Università di Torino | Roberto Esposito |
| Università di Trento | Flavio Vella |
| Università di Verona | Nicola Bombieri |
| CNR - Istituto di calcolo e reti ad alte prestazioni | Diego Romano |
| CNR - Istituto di Ingegneria del Mare | Riccardo Broglia |
| CNR - Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche "Enrico Magenes" | Luca Caviglione |
| CNR - Istituto di Scienza e Tecnologie dell’Informazione “A. Faedo” | Massimo Coppola |
| CNR - Istituto di Tecnologie Biomediche | Ivan Merelli |
| CNR - Istituto per il rilevamento elettromagnetico dell'ambiente | Francesco Lovergine |
| CNR - Istituto per le applicazioni del calcolo | Flavio Lombardi |
| CNR - Istituto per le applicazioni del calcolo (co-direttore) | Alessandro Celestini |